主页

新品上线,建库捕获怎么做?别担心,升级版建库捕获试剂来助力

2022. 07. 06

近年来高通量测序技术发展迅速,测序成本逐渐降低。但就现阶段而言,全基因组测序的成本依然很高,且测序之后得到的极其庞大的数据量也导致数据分析速度缓慢。与全基因组测序相比,靶向捕获测序可以针对感兴趣的区域进行富集,单个样本所需测序数据量显著降低且分析速度更快。不仅如此,靶向测序可以对目标区域进行深度测序,在遗传突变检测、肿瘤筛查等领域,相同测序成本下靶向捕获测序能达到更高的灵敏度。因此,在精准医疗时代,靶向捕获测序更适合临床和科学研究。

液相探针捕获技术,是通过文库与探针杂交并捕获,实现对目标区域基因捕获测序。迪赢全面升级的建库捕获试剂2.0版本,操作简便,与自动化工作站兼容性更好,助力您开展各种NGS检测项目。

 

预文库制备系列产品

迪赢生物DNA建库试剂盒兼容酶切和超声两种不同的打断方式,兼容多种类型的样本,支持不同的投入量,可根据实际需求灵活的选择接头类型,以满足不同的检测项目需求。

 

文库制备流程

 

1

 

建库模块

超声打断和酶切打断是两种常用的DNA片段化方式。超声法是DNA片段化的金标准,打断无偏好性且DNA片段的长度更为集中,但仪器昂贵、样本损耗大和通量低等因素影响了其应用范围。片段化酶法虽然在建库中可能带来一定的偏好性,但打断操作简单,可减少对仪器和耗材的依赖,样本损耗量也更低,同时可以兼容更低的样本起始量,与自动化工作站配合度高,所以在现阶段片段化酶法是NGS建库的热点方法之一。迪赢生物升级版文库制备试剂盒,将酶切打断试剂独立为单独的酶切模块,建库试剂部分可兼容超声法和片段化酶法两种打断方法得到的DNA片段,方便用户根据实际情况选择。接头连接体系经过高度优化,即使是低起始量建库也可以获得足够文库,保证后续实验。

 

2

表1. 迪赢建库产品一览表

产品优势

不同片段化方式灵活搭配:片段化酶设为独立模块,可自由选择前端片段化方式;

兼容不同样本类型:适用血液、新鲜组织、FFPE等各种样本类型;

卓越的片段化稳定性:不依赖DNA起始量,对于反应时间不敏感的片段化反应,更适配自动化工作站;

优异的连接效率:连接模块优化,连接效率提高;

建库背景噪音低:低碱基错误率和与超声建库相近的低嵌合率,可大大降低检出“假阳性” 。

 

数据展示

不依赖反应时间及起始量的升级版酶切模块

1

图1. 不同酶切反应时间片段化下文库产物

注:使用NA12878标准品100ng投入量下按照不同时间进行酶切片段化,显示此酶切模块对反应时间不敏感,更适合自动化处理大量样本。

f1028361c6310c4c9a4a25f44768ca06

图2. 不同投入量下酶切片段化下文库产物

注:将不同投入量的NA12878样本在25℃下孵育30分钟做酶切片段化,文库产物的片段分布具有高度一致性,方便用户同时操作不同起始量的样本而不需分开设定程序。

 

低嵌合率

a2dc03f7183f579fc2cc684beb69593d

图3. 酶切建库和超声建库嵌合reads的比例

低碱基错误率

e637df70532d6532f3d8fc7469955f9f

图4. 不同建库产品的碱基错误率对比

连接效率优异

0ae08956f0b6ee2ba649d716147fbaa9

图5. 不同建库产品的连接效率对比

注:相对连接效率指将Dynegene连接效率作为标准值与竞品连接效率进行比较,结果显示Dynegene连接效率是竞品的两倍以上

稳健的捕获率

b425fa0278ed12802c21415ccc40bfc9

图6. 1.0建库试剂和2.0建库试剂捕获情况

注:探针使用QuarXeq Human All Exon Probes 3.0(NY1031,Dynegene)

 

接头模块

超声打断和酶切打断是两种常用的DNA片段化方式。超声法是DNA片段化的金标准,打断无偏好性且DNA片段的长度更为集中,但仪器昂贵、样本损耗大和通量低等因素影响了其应用范围。片段化酶法虽然在建库中可能带来一定的偏好性,但打断操作简单,可减少对仪器和耗材的依赖,样本损耗量也更低,同时可以兼容更低的样本起始量,与自动化工作站配合度高,所以在现阶段片段化酶法是NGS建库的热点方法之一。迪赢生物升级版文库制备试剂盒,将酶切打断试剂独立为单独的酶切模块,建库试剂部分可兼容超声法和片段化酶法两种打断方法得到的DNA片段,方便用户根据实际情况选择。接头连接体系经过高度优化,即使是低起始量建库也可以获得足够文库,保证后续实验。

1

表2. 迪赢接头产品一览表

杂交捕获系列产品

杂交捕获流程是一个步骤相对较多且繁杂的实验流程,每个环节均可能对最终的捕获结果造成影响,例如准确的杂交及洗脱温度,洗脱的操作熟练度,溶液配置的精准度等。因此,若能做到流程简化,可大大提升数据的可靠性。

 

捕获配套试剂

为了适配不同类型探针和不同杂交流程,迪赢提供多种杂交试剂,满足不同场景下的捕获需求。其中QuarHyb One Reagent Kit为杂交捕获试剂QuarHyb Reagent Kit的2.0升级优化版本,由多管杂交升级为1管式杂交,操作更为简便,稳定性进一步提升。

56716264615ae513c4ca07b235af6f31

表3. 迪赢捕获配套试剂一览表

产品优势

操作简便:杂交液简化为一管,操作更为简便且降低配置杂交液时带来的人为误差;

优异的捕获数据:优化的Buffer体系带来更高的捕获效率和覆盖均一性;

稳定性提升:不同熟练度的操作人员均可达到优异的捕获效果;

操作体积优化:优化Buffer加样体积,更适合与自动化建库流程整合。

 

数据展示

005d74c4c5a35c43eaa224cc62143647

图7. 不同操作人员使用新旧捕获试剂捕获效率

注:A为实验新手,B为资深实验员

81776b65bded224d102e0e8be7b0f1a4

图8. 不同操作人员使用新旧捕获试剂

注:A为实验新手,B为资深实验员

图7及图8为两个不同实验员使用相同NA12878标准品、超声2.0建库试剂盒构建好的文库,利用升级前的杂交捕获试剂(QuarHyb Reagent Kit)和杂交捕获2.0试剂(QuarHyb One Reagent Kit),进行迪赢全外显子3.0 Panel杂交捕获的实验结果。A为实验新手,B为资深实验员,每人均做了两个样本以测试稳定性。从数据可以看出升级版试剂对于捕获率有所提升,即使是实验新手也能达到理想的捕获率。

封闭液

在NGS靶向捕获过程中,裸露的adapter会导致不同文库分子之间在接头位置互相结合,基因组的特殊序列会导致不同文库分子之间在插入片段位置互相结合,这都会导致捕获到非目标的文库,降低捕获效率。此时利用接头Blocker封阻文库接头序列,可以阻止文库接头之间的结合;Cot-1 DNA可封阻文库插入片段高拷贝区域、序列复杂度低区域,阻止不同文库分子在插入片段部分互相结合,可显著减少这两种非特异性结合的情况,提高中靶率和数据利用率。迪赢生物为illumina和MGI平台靶向捕获流程设计了接头封阻试剂和单独的人类Cot-1 DNA,支持多样本杂交,保障您的捕获效率。

375be7ea7ce03bf21c37b1bdfbe2322b

 

订购与咨询

您可以通过以下任意方式申请试用装、下单或咨询:

1. 联系区域销售

2. Email:详细需求可发送到support1@dynegene.com

3. 电话咨询:400-017-9077

联系我们

电话:400-017-9077

地址:上海市闵行区光华路248号5号楼2楼

邮箱:zhengyuqing@dynegene.com

迪赢合成—生命科学“核”动力

联系我们

电话:400-017-9077

地址:上海市闵行区光华路248号5号楼2楼

邮箱:zhengyuqing@dynegene.com

关注我们

Copyright © 2024 上海迪赢生物科技有限公司
All rights reserved.    沪ICP备2021008439号-2

网站地图 I 隐私政策