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tNGS & mNGS

tNGS & mNGS

新冠疫情让普通老百姓也知道了“核酸检测”这个技术可以快速、廉价检测一个人是不是被感染了新冠病毒。而这只是病原检测技术更新迭代的一个缩影。

随着数据积累、技术发展,高通量测序技术在临床病原检测、流调等方面的应用越来越成熟。基于全部核酸测序的mNGS检测方法逐步在临床检测、新流行病原的发现等方面展现出更大的优势。mNGS没有偏好,只要达到一定丰度的病原体都可以检测到,但对丰度较低的病原检测效果不佳(检测不够灵敏),为了达到足够的测序饱和度,目前临床上普遍使用20M reads的测序数据量,这使得单样本的检测费用较高。基于靶向捕获的病原检测可以完美弥补这几个短板。

 

  mNGS tNGS(捕获法或超多重PCR法)
检测范围 不限,超过检测限即可 只能检测设计了探针/引物的病原,通常是几十到几百种
检测周期 24h 24h
检测灵敏度 一般 很高
检测费用 较高 较低

表1. mNGS和tNGS技术比较

 

靶向捕获病原检测(target NGS,tNGS,靶向捕获法和超多重PCR法),可以根据确定病原物种的序列设计特异性探针和引物,在抽提的核酸中富集病原序列,再进行测序。经过富集的核酸,人源背景显著降低,病原序列占比从个位数上升至90%以上,可以在极大降低测序数据量和分析工作量的同时,显著提升检测灵敏度。配合快速建库方案,可以获得和mNGS相同的检测周期,极大满足临床、流调等大量样本检测的需求。

图1. 两个样本的mNGS和超多重PCR富集方法(NZ4003A)比较。纵轴是序列占比,富集效果明显。

图2. 使用mNGS及液相杂交捕获方法(NY1023A)的数据比较。不同的样本展现了10-90X不等的富集效果

 

迪赢生物是国内第一家拥有高通量自主合成oligo pool能力的公司。基于oligo pool合成,开发了NGS捕获平台的两套技术体系,液相探针杂交捕获和多重PCR。结合自有算法,针对病原物种基因组变异较多的情况,挑选物种内保守区域,设计特异性引物或探针,即可开发出特异性富集病原的检测产品。结合DNA、RNA共建库产品,可以同时检测病原的DNA和RNA序列。针对不同的检测范围和样本情况,多重扩增子技术和探针杂交捕获技术各有侧重点和优势,迪赢会根据具体情况提供建议,帮助客户开发出更适合的检测方案。

 

目前已经开发有呼吸道76病原检测产品和新冠病毒检测产品。欢迎大家咨询和选购,也可以根据自身需求,开发专属自己的病原检测产品

货号 产品名称 规格 说明
NY1021A QuarXeq coVID-19 Virus Probes 96rxn 新冠病毒全基因序列捕获
NY1023A QuarXeq Respiratory Pathogens Probes 96rxn 76种呼吸道病原体捕获探针
NZ4003A QuarMultiple Respiratory Pathogens Amplicon 96rxn 76种呼吸道病原体多重引物
NK3002A QuarPlex 16S rDNA Kit 96rxn 16S rDNA检测试剂盒,v3-V4

表2. 迪赢病原检测相关目录产品

 

 

迪赢合成—生命科学“核”动力

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