新品上线 | “暗探针”技术助力HRD研究，精准医疗又添一利器

正常细胞发生DNA双链断裂时可以通过同源重组修复（HRR，Homologous Recombination Repair）来维持基因组稳定，HRR相关基因的突变会引起同源重组修复缺陷（HRD，Homologous Recombination Deficiency）的发生，表现为“基因组瘢痕”（Genomic Scar，GS）。

通过对HRD的检测，可以对癌症进行风险评估，包括乳腺癌、卵巢癌、胰腺癌等；同时，因为大多数HRD肿瘤表现为对PARP抑制剂（PARPi）以及铂类药物高度敏感，则可以通过对HRD的检测结果进行疗效预测，在临床上指导用药。

 

传统差异化捕获策略

全面的HRD评估包含HRR相关基因的变异检测和基于SNPs位点的基因组瘢痕鉴定。从临床检测的准确性出发，HRR基因检测和基于SNPs位点的基因组瘢痕鉴定一般分别要求不小于500x和100x有效测序深度，来检测频率不低于1%的突变和中国健康人群中高 MAF 值的 SNPs位点。

 

对于差异化捕获的需求，传统的策略是在杂交过程中，通过控制不同的探针比例来实现，但是由于探针相对于模板分子的摩尔浓度是过量的，使得通过调整探针浓度比例来实现差异化捕获变得费时费力，且结果不稳定，并不能很好的实现等比缩放。

 

“暗探针”技术，让差异化捕获显而易现

迪赢自主研发的“暗探针”技术，把实现差异化捕获从复杂的杂交过程剥离出来。通过"暗探针"技术，巧妙地在捕获环节线性化实现差异捕获，不仅优化周期短，节约成本和人力，还优化了传统控制探针比例的策略带来的结果不稳定性，具有较高的批内重复性和批间重现性。

更重要的是，这种高精密度的结果可以依据客户不同的差异化捕获需求轻松实现等比缩放，应用前景广泛！

“暗探针”作用示意图

产品特点

检测更全面

依据NCCN指南及临床试验经验精选20个HRR相关的核心基因；同时筛选出5万个高 MAF 值的 SNPs 位点，尽可能覆盖更多的杂合位点，用于基因组瘢痕鉴定。

定制优化周期更短

对于差异化捕获的需求，“暗探针”技术显著缩短优化周期，可以依据客户不同的差异化捕获需求轻松实现等比缩放。

稳定性更高

“暗探针”技术优化了传统控制探针比例的策略带来的结果不稳定性，具有较高的批内重复性和批间重现性。

性价比更高

差异化捕获直接带来了测序成本大幅下降。

数据展示

捕获数据表现佳

Input 100 ng标准品（NA12878）进行超声DNA建库（QuarPrep DNA Library Kit，Dynegene，NL1001），采用750 ng构建好的文库，使用QuarXeq HRD Probes探针进行常规杂交捕获（QuarHyb One Reagent Kit，Dynegene，NC1003），三次重复实验，illumina平台测序,上机数据量为6 G。

图1. QuarXeq HRD Probes的捕获效果

差异化捕获下HRR和HRD深度比例与预期一致

Input 100 ng标准品（NA12878）进行超声DNA建库（QuarPrep DNA Library Kit，Dynegene，NL1001），采用750 ng构建好的文库，使用QuarXeq HRD Probes探针进行常规杂交捕获（QuarHyb One Reagent Kit，Dynegene，NC1003），三次重复实验，illumina平台测序。分析结果显示：HRR_depth和HRD_depth比例为5:1，符合预期。

图2. 使用QuarXeq HRD Probes的差异化捕获下的深度图

同时针对BRCA2基因分析了HRD BRCA2 depth和 Chr 13 depth，结果显示两者比例5：1，亦符合预期。

图3. 使用QuarXeq HRD Probes的差异化捕获下HRD BRCA2depth和 CHR 13depth对比

SNPs位点覆盖均匀

QuarXeq HRD Probes中SNPs位点分布均匀，尽可能的覆盖更多的杂合位点，确保符合要求的 LOH、LST、TAI 能被检出。

图4. SNP Marker 染色体的覆盖情况

注：其中灰色区域为参考基因组上高度重复区域，蓝色散点为SNP Marker MAF repeat element。

HRR相关基因

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