兼容各种杂交方式
QuarStar人全外显子组4.0支持单杂和多杂,在快杂和过夜杂交上均表现出稳定且优异的性能指标。
|

图1. 不同杂交时间的捕获表现
|

图2. 单杂/多杂的捕获表现
|
注:使用迪赢DNA酶切建库试剂进行预文库构建,500ng预文库投入,使用QuarStar人全外显子组4.0参照QuarHyb Super DNA Reagent (Dynegene, NC1009)操作说明书进行0.5-2h快速杂交捕获实验,同时参照迪赢常规过夜杂交试剂 (Dynegene, NC1018)进行过夜杂交实验。
竞品比较
QuarStar人全外显子组WES 4.0有较好的捕获性能,相同目标深度所需数据量更少。
|
图3. 不同友商WES捕获性能比较(中靶率)
|

图4. 不同友商WES捕获性能比较(Uniformity_0.2x)
|

图5. 不同友商WES捕获性能比较(Uniformity_0.5x)
|

图6. 不同友商WES捕获性能比较(Mean Depth Per Gb).
|
注:使用gDNA标准品(NA12878)进行DNA酶切建库(Dynegene, NL1002),500ng预文库投入,进行过夜杂交捕获实验。
MeanDepthPerGb是指表示每Gb原始数据量,target区域的去重后的平均覆盖深度,数值越大表明达到同一深度所需数据量越少。
变异检出
QuarStar人全外显子组4.0假阳假阴变异少,精确率高。
| Sample |
SNP |
INDEL |
| Recall |
Precision |
F1-score |
Recall |
Precision |
F1-score |
| WES 4.0 |
0.941 |
0.996 |
0.967 |
0.917 |
0.826 |
0.869 |
| Vendor A |
0.913 |
0.995 |
0.952 |
0.887 |
0.824 |
0.854 |
| Vendor B |
0.912 |
0.996 |
0.952 |
0.908 |
0.825 |
0.864 |
| Vendor C |
0.915 |
0.995 |
0.954 |
0.917 |
0.754 |
0.828 |
| Vendor D |
0.916 |
0.991 |
0.952 |
0.909 |
0.813 |
0.858 |
表1. NA12878 标准品检测情况
注:PPV指在检测出的所有变异中,真正属于真实变异(True Positive, TP)的比例。高PPV意味着更少的假阳性结果,降低后续验证的工作量;Recall指在所有真实存在的变异中,被算法正确检测到的比例;F1-score是PPV和Recall的调和平均数,用于综合评估算法的整体性能。
WES4.0的Recall值、Precision值和F1-Score值均领先同类产品,实现了Recall值和Precision值的同时提高,降低了检测的假阳性和假阴性。对于比SNP更难检测的INDEL也实现了更高的Recall值和Precision值。特别是高Recall的核心优势在于能最大程度捕捉真实存在的变异,而目前的产品在追求捕获效率时容易忽略Recall值的下降,这样带来的假阴性问题在使用过程中有时很难发现。
WES4.0可以显著降低漏检率,确保从复杂基因组数据中完整挖掘潜在病因,为精准医疗提供全面可靠的分子证据,提升诊断准确性与治疗方案制定的科学性,避免遗漏致病突变导致的漏诊或误诊,尤其对罕见病、肿瘤驱动突变等关键变异的检测至关重要。